Naast uitgelegde hennen uit reguliere legbedrijven slacht W. van der Meer biologische leghennen met het EKO-keurmerk, en leghennen met het Beter Leven Keurmerk van de Dierenbescherming (zowel 1, 2 als 3 sterren). ^{[50] [51]} Zo worden onder andere uitgelegde hennen van Rondeel ^[52] en Kipster (beiden 3 sterren Beter Leven) bij W. van der Meer geslacht, en ook de Kipster-hanen (voor de haanburgers van Lidl) komen bij W. van der Meer aan hun einde. ^{[53] [54]}

Biologische leghennen worden gehouden volgens normen die vastgelegd zijn in biologische wetgeving, wat gecontroleerd wordt door Skal Biocontrole. ^[55] Met betrekking tot het slachtproces van biologische dieren zijn er geen specifieke voorschriften. Ze worden geslacht volgens de standaard wetgeving (VERORDENING (EG) Nr. 1099/2009 inzake de bescherming van dieren bij het doden), wat inherent gepaard gaat met stress en pijn.

Voor de afzet van uitgelegde biologische leghennen richtte slachterij W. Van der Meer in samenwerking met de Biologische Pluimveehouders Vereniging (BPV) de Biomeerwaardekip-keten op. ^[56] Het doel van de vereniging is de waardering van afgedankte bio-leghennen te verbeteren: biologische leghennenhouders krijgen in het slachthuis circa 1 euro betaald per dier, terwijl een reguliere leghen 0,78 cent opbrengt. ^[57] De biologische hennen worden na het slachten verkocht als biologische soepkippen of verwerkt in diverse biologische kippenvleesproducten zoals schnitzels, burgers en nuggets, soepen, ragout, barbecueworstjes, knakworsten en hotdogs. ^[58]

Ook voor Beter Leven kippen verloopt het slachtproces op dezelfde wijze als voor regulier geslachte kippen. Slachterijen die Beter Leven kippen willen slachten, dienen wel een verklaring ‘verdoofd slachten’ te ondertekenen, wat inhoudt dat zij geen onverdoofde slachtingen mogen uitvoeren, zoals bijvoorbeeld voor de productie van koosjer vlees. In de criteria met betrekking tot pluimveeslachterijen die gepubliceerd staan op de website van Dierenbescherming/Beter Leven staat te lezen dat ”de dieren zo snel mogelijk doch in elk geval binnen 4 uur worden geslacht.” (Bij W. Van der Meer bedraagt de gemiddelde wachttijd 8 uur). Op het niet naleven van deze regel staan geen sancties, het betreft slechts een “aanbeveling.” ^[59]

Ook staat in de criteria dat “personeel dat met levende dieren omgaat een dierenwelzijnsopleiding van de Slagers Vak Opleiding (SVO) of gelijkwaardige opleiding met betrekking tot dierenwelzijn voor slachthuispersoneel heeft gevolgd.” Het niet naleven van deze regel wordt bestraft met “uitsluiting”. In een aanvullend document (‘Aanvullende besluiten en interpretaties’) wordt echter verklaard dat omwille van praktische redenen, nieuwe personeelsleden drie maanden mogen werken met levende dieren zonder het Getuigschrift van vakbekwaamheid slachthuispersoneel. ^[60]

Verder verklaart de Dierenbescherming in haar criteria dat zij “de intentie heeft om de waterbadmethode medio 2017 uit te sluiten.” In het aanvullend document lezen we dat “het vervangen van de waterbadmethode door de 2-fasen CAS methode (vergassing) een zeer grote investering is die niet zomaar kan worden doorgevoerd. De Dierenbescherming is hierover in overleg met de deelnemende slachterijen. Zij geven aan meer tijd nodig te hebben deze wijziging door te voeren. De intentie is nu om de waterbadmethode medio 2018 uit te sluiten.” Eind 2019 is het waterbad nog steeds toegestaan voor kippen die geslacht worden onder Beter Leven-certificering.